La gobernanza es otro de los ejes de la ley. La gobernanza del Sistema educativo regula dos vertientes: la gestión propia de los centros y la comunitaria.

La ley reconoce el principio de autonomía de centros educativos y sus instrumentos de gestión. Una autonomía pedagógica como eje para el cambio cultural del centro, el foco de la innovación y la calidad del proyecto. Dentro de esta idea entra también el plan de formación del claustro y su impacto en la innovación. 

La gobernanza introduce una palanca que será clave para el ordenamiento y el desarrollo estratégico del sistema: una planificación estratégica para el sistema y en específico para Escuela Pública Vasca. Se introduce la posibilidad de desarrollar la normativa necesaria para promover la formalización de contratos-programa condicionada al desarrollo de los proyectos de carácter singular o estratégico; y especialmente en todos aquellos centros de alta complejidad que les permitan impulsar proyectos de éxito que reviertan la situación de desventaja de partida. Se regulan también la profesionalización de los equipos directivos y el liderazgo pedagógico.

Asimismo, se abre paso a la creación de nuevas estructuras que acompañan en esta co-Gobernanza como el Consejo de la Escuela Pública Vasca, y apuesta por la implicación y la participación de las familias en la comunidad educativa.