Gobernantza da legearen beste ardatzetako bat. Hezkuntza-sistemaren gobernantzak bi alderdi arautzen ditu: ikastetxeen kudeaketa propioa eta kudeaketa komunitarioa.

Legeak ikastetxeen autonomia-printzipioa eta hauen kudeaketa-tresnak aitortzen ditu. Autonomia pedagogikoa, ikastetxeko kultura-aldaketarako ardatz gisa, berrikuntzaren muin eta proiektuaren kalitate gisa. Ideia horren barruan sartzen dira klaustroaren prestakuntza-plana eta horrek berrikuntzan duen eragina ere.

Gobernantzak sistemaren antolaketa eta garapen estrategikorako funtsezkoa izango den akuilua dakar: sistemarentzako plangintza estrategikoa, zehatzago esateko, Euskal Eskola Publikorako plangintza. Programa-kontratuen formalizazioa sustatzeko beharrezkoa den araudia garatzeko aukera dakar, betiere izaera berezia edo estrategikoa duten proiektuak garatzeko eta, bereziki, konplexutasun handiko ikastetxeetan desabantaila-egoerak gainditzeko proiektuak bultzatzea ahalbidetzeko. Zuzendaritza-taldeen profesionalizazioa eta lidergo pedagogikoa ere arautzen dira legean.

Era berean, bide ematen zaio kogobernantza partekatu honetan lagungarri izango diren egitura berriak sortzeari, hala nola Euskal Eskola Publikoaren Kontseilua. Familiek hezkuntza-komunitatean duten inplikazioaren eta parte-hartzearen aldeko apustua ere egiten da.